Νεώτερη ιστορία
Κατά τους βυζαντινούς χρόνους και μέχρι τις αρχές του 13ου αιώνα, οι πληροφορίες για την ιστορία της Αντιπάρου σπανίζουν, γνωρίζουμε όμως ότι όλη αυτή την περίοδο, και μέχρι την Ελληνική Επανάσταση του 1821, το νησί υποφέρει από τις επιδρομές πειρατών από την Αλγερία, την Κρήτη, τη Μάνη, την Κεφαλληνία και αλλού. Οι συχνές αυτές επιδρομές μαρτυρούνται τόσο από τις αυξομειώσεις του πληθυσμού της, που έφταναν μέχρι και την ερήμωση σχεδόν του νησιού, όσο και από τα λείψανα των αμυντικών έργων που είχαν κατά καιρούς ιδρύσει οι διάφοροι άρχοντες της Αντιπάρου για την προστασία των κατοίκων.
Το 1207, την Αντίπαρο κατέλαβε ο ανηψιός του δόγη της Βενετίας Ερρίκου Δάνδολου, Μάρκος Α’ Σανούδος, ο οποίος μετέσχε στην Δ’ Σταυτοφορία και ήταν από τους πρωτοστάτες της εκτροπής της από τον αρχικό της στόχο, εκτροπής που είχε ως αποτέλεσμα την κατάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Ο Μάρκος Σανούδος κατέλαβε, με την έγκριση της Βενετίας, τις Κυκλάδες, τις Σποράδες και άλλα νησιά του Αιγαίου, ιδρύοντας το Δουκάτο του Αιγαίου Πελάγους, με έδρα την Νάξο. Η Αντίπαρος έμεινε υπό την κυριαρχία του οίκου των Σανούδων μέχρι το δεύτερο μισό του 14ου αιώνα, οπότε πέρασε στα χέρια του οίκου Σομμαρίπα με το γάμο της Μαρίας Σανούδου, κυρίας της Άνδρου, Νάξου και Αντιπάρου, με τον Γάσπαρι Σομμαρίπα. Στις αρχές του 15ου αιώνα η Αντίπαρος ήταν πυκνοκατοικημένη – είναι γνωστό πως παρείχε στις γαλέρες του δούκα της Νάξου 30 ναύτες. Αργότερα, όμως, ως αποτέλεσμα των πειρατικών επιδρομών, ερημώθηκε τελείως. Ο Κριστόφορο Μπουοντελμόντι, Φλωρεντιανός κληρικός του 15ου αιώνα και από τους πρώτους ελληνολάτρες περιηγητές της χώρας μας, αναφέρει στο έργο του “Το Βιβλίο των Νησιών του Αιγαίου” πως στην Αντίπαρο υπήρχαν πολύ λίγοι κάτοικοι που ασχολούνται με τη γεωλογία και την κτηνοτροφία. Αναφέρει ακόμη πως το νησί ήταν γεμάτο αετούς και γεράκια.
Το 1440, ο άρχοντας της Πάρου και της Άνδρου Κρουσσίνος Α’ Σομμαρίπας δίνει την Αντίπαρο ως προίκα στην κόρη του Φραντζέσκα που παντρεύεται τον Λεονάρντο Λορεντάνο. Έτσι, η Αντίπαρος αποσπάται από την κυριαρχία του δούκα της Νάξου και περιέρχεται στην ισχυρή βενετική οικογένεια των Λορεντάνο. Ο Λεονάρντο Λορεντάνο με δικά του έξοδα μετέφερε στην Αντίπαρο καλλιεργητές και έχτισε το περίφημο κάστρο. Το 1480το νησί πέρασε στα χέρια του Δομένιγου Πιζάνι και, μαζί με την Ανάφη και την Ίο, αποτέλεσε κτήση της βενετικής οικογένειας των Πιζάνι. Το 1537 η Αντίπαρος μαζί με τις υπόλοιπες Κυκλάδες πέφτει στα χέρια των Οθωμανών και του φοβερού πειρατή Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα.
Η Αντίπαρος παρέμεινε υπό τουρκικό ζυγό μέχρι το 1770, οπότε κατέπλευσε στο νησί ο ρωσικός στόλος των αδελφών Ορλώφ. Την περίοδο 1770-1774 η Αντίπαρος και η Πάρος ρωσοκρατούνται, αλλά μετά τα ορλωφικά περιέρχονται και πάλι υπό τον τουρκικό ζυγό μέχρι την Ελληνική Επανάσταση του 1821.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η Αντίπαρος υπέστη πολλές καταστροφές όχι μόνο από τις επιδρομές των κατακτητών αλλά και των πειρατών.
Χαρακτηριστικό των συνθηκών διαβίωσης της εποχής είναι το τέλος του διαβόητου Γάλλου πειρατή Ντανιέλ, ιππότη του Τάγματος της Μάλτας, και τα δραματικά γεγονότα στο Δεσποτικό το 1675. Το έτος αυτό, δόθηκε ναυμαχία μεταξύ του Ντανιέλ και τουρκικών πλοίων στα ανοικτά του Δεσποτικού, το οποίο ο πειρατής χρησιμοποιούσε ως ορμητήριο. Ο ηττημένος πειρατής έβαλε φωτιά στο πλοίο του και αποβιβάστηκε στο Δεσποτικό με το τσούρμο του, τάζοντας μεγάλα ποσά στους κατοίκους για να τον σώσουν. Αυτοί όμως τον αλυσοδέσανε και τον παρέδωσαν στα τουρκικά αγήματα. Όταν άλλοι Γάλλοι πειρατές, όπως οι Οράνζ, Ονορά και Υγκό ντε Κρεβελιέ, έμαθαν τα συμβάντα, κατέπλευσαν στο νησί, αφού έφυγαν τα τουρκικά πλοία, το λεηλάτησαν και έσφαξαν τους κατοίκους. Η καταστροφικότερη επιδρομή πειρατών στην Αντίπαρο ίσως ήταν αυτή του 1794, όταν Κεφαλονίτες και Μανιάτες πειρατές λεηλάτησαν το νησί και κατέσφαξαν και αιχμαλώτισαν τους περισσότερους από τους κατοίκους, μεταξύ των οποίων και την κόρη του Γάλλου υποπρόξενου.
Δυσβάστακτη στο μεταξύ ήταν αυτή την περίοδο η φορολόγηση των κατοίκων. Το 1756, για να πληρώσουν το φόρο, οι Αντιπαριανοί αναγκάζονται να πουλήσουν τη νησίδα Διπλό στον Παριανό Πέτρο Μαυρογένη και το Μυκονιάτη Τζωρτζή Μπάο, έναντι 100 ριαλίων.
Κι όμως, στα μαύρα εκείνα χρόνια, υπήρχε στην Αντίπαρο σχολείο, στο οποίο τα παιδιά του νησιού μάθαιναν γράμματα. Σ’ αυτό πήραν τα πρώτα φώτα της παιδείας και της θρησκείας μεγάλοι άνδρες, μεταξύ των οποίων δεσπόζουν οι μορφές του Νεόφυτου Μαυρομάτη, μητροπολίτη Ναυπάκτου και Άρτης, και του Ανανία, του ιεροδιακόνου που δίδαξε στα μέσα του 18ου αιώνα στην Πατριαρχική Ακαδημία και θεωρείται από τους σοφότερους διδασκάλους του Γένους.
Οι κάτοικοι της Αντιπάρου ήταν μεταξύ των πρώτων από τις Κυκλάδες που πήραν μέρος στην Ελληνική Επανάσταση. Το 1823 συζητήθηκε, χωρίς όμως να δοθεί συνέχεια, η παραχώρηση έναντι χρημάτων της Αντιπάρου, μαζί με την Πάρο, τη Νάξο και τη Σίφνο, στους Ιωαννίτες Ιππότες. Το νησί έγινε και επίσημα τμήμα του ελληνικού κράτους με τα Πρωτόκολλα του Λονδίνου της 3.2.1830 και 18.8.1832.
Αλλά και κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, η Αντίπαρος πήρε ενεργό μέρος στην Αντίσταση κατά των Γερμανών. Είχε μετατραπεί σε μυστική βάση των Συμμάχων και είναι πολύ γνωστή στην ιστορία του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου η “Επιχείρηση Αντίπαρος” με επακόλουθα συλλήψεις και εκτελέσεις Ελλήνων πατριωτών και Συμμάχων.